Stephen Hillenburg 21 Ağustos 1961 yılında Amerika'nın Oklahoma eyaletinde dünyaya gelmiştir. 1984 yılında Humbolt Eyalet Üniversitesinde okyanus bilimlerinden mezun olmuştur. Stephen'ın okyanus sevgiside burdan gelmektedir. 1992 yılında da Kaliforniya Sanat Enstitüsü'nden Güzel Sanatlar Uzmanı ünvanını almıştır.

1984-1987 yılları arasında Orange County Denizcilik Okulunda Okyanus Biyolojisi öğretmenliği yaptı. 1987 yılından sonra Stephen Hillenburg animasyon yolunda kariyer yapmaya karar verdi. Birkaç kısa animasyon film yaptı.

Kaliforniya Sanat Enstitüsü'nde okurken Wormholes adlı bir animasyon film yaptı ve bu animasyon çeşitli animasyon festivallerinde gösterildi. Bu festivallerin birinde Stephen Hillenburg Rocko's Modern Life'ın yaratıcısı Joe Murray ile tanıştı ve ona Rocko'nun yapımcılığında yer alması için teklif verdi. Bu şekile Stephen, Nickelodeon kanalına yazar ve yapımcı olarak ilk adımını attı.

Rocko's Modern Life 1996 yılında sona erdikten sonra Stephen Hillenburg içinde okyanus ve deniz canlılarını barındıracak yeni bir animasyon için çalışmalara başladı. 1998 yılında Hillenburg Süngerbob'un pilot bölümü olan Help Wanted'ı Nickelodeon yetkililerine sundu. Bu bölümde ana karakterin adı SpongeBoy'du. Ama bu ismin patenti alındığı öğrenilince karakterin adı SpongeBob olarak değiştirildi. Nickelodeon pilot bölümü beğenerek yeni bölümleri için Stephen'a destek verdi. 1999 yılında da Spongebob Squarepants Nickelodeon ekranlarında yayınlanmaya başladı.